Sus más altas cumbres demarcan el límite con Chile, donde se impone la presencia del Cerro Tronador (3554 msm), y cerros menores como los cerros Campana, Capilla, López y Catedral, con alturas que osciLAN entre los 1800 y los 2400 msm. Entre estas elevaciones, profundos valles y quebradas, permiten el tránsito internacional a través de los pasos Cardenal Samoré, Pérez Rosales y Vuriloche.
Otra característica de la zona es la presencia de lagos y ríos caudalosos que desaguan hacia el Atlántico o el Pacífico, alimentados por las abundantes lluvias y el derretimiento de nieves y glaciares.
Por supuesto, la cuenca más importante es la del lago Nahuel Huapi, que ocupa una superficie de 60.000 hectáreas, con una profundidad máxima de 464 metros en el brazo Blest; sumándose también al sistema lacustre los lagos Perito Moreno, Gutiérrez, Mascardi, Los Moscos, Hess, Fonck, Guillelmo y Steffen.
De hecho, la condición más importante de este parque es la de comprender dentro de su extensión a diversos biomas con una flora y una fauna autóctona, albergada en ríos y lagos, en los bosques subantárticos, la selva valdiviana, la estepa, el sotobosque y las altas cumbres nevadas.
Tupidos cipresales, ñires, lengas, coihues, notros, guindos, lauras, arrayanes, radales, alerces y maitenes, dejan paso hacia el este, a la zona árida, que con el neneo y el coirón cubren el suelo yermo de la meseta patagónica.
Hacia la frontera con Chile, la selva valdiviana, de exhuberante vegetación, presenta soberbios ejemplares de coihue, mañiu, laurel, alerce, sobre los cuales se entrelazan lianas, como pahueldin y pil pil voqui. En el sotobosque, casi siempre húmedo, domina la caña colihue y los helechos.
La fauna no es menos rica, aunque haya sufrido el efecto desvastador del hombre. En arroyos, lagos y ríos, la perca y el huillín; en la estepa, aves rapaces y tropillas de guanacos; y en las altas cumbres nevadas, el majestuoso cóndor; conviven en este parque con el guanaco, el ñandú, el puma, el huemul, el pudú y la liebre patagónica; mientras loros y teros habitan en lugares más abiertos y mallines, o el chucao en el sotobosque.
Estas características conceden a este área, la cualidad de convertirse en una reserva natural, sujeta a un régimen de manejo especial que asegura su protección y conservación; tanto para investigaciones científicas, como para educación y goce de futuras generaciones.